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Linhas de Pesquisa

Nosso laboratório estuda modificações no metabolismo de células normais e tumorais e seu impacto  especialmente  para a proliferação de tumores e obesidade. A ênfase é dada nas alterações no  metabolismo do triptofano e nas ações da proteína amilóide séria A, suas ações na proliferação, diferenciação e mobilidade celulares, imune escape e seus efeitos em doenças crônicas como o câncer, quadros de resistência a insulina e obesidade. 

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Projetos de Pesquisa

» "Metabolismo celular e seus efeitos sobre células do sitema imune: Importância para o Câncer e Obesidade"

Linha 1: Marcadores moleculares de exposição a xenobióticos

Nesta linha de pesquisa são investigadas lesões em DNA (adutos) que possam ser utilizadas como marcadores de exposição a xenobióticos orgânicos, assim como elucidar mecanismos pelos quais esses xenobióticos exercem seus efeitos tóxicos. Para as análises são utilizadas linhagens de células e são investigadas alterações metabólicas utilizando-se diferentes ferramentas.

 

Linha 2: Bases moleculares da carcinogênese química

O processo de transformação maligna de células epiteliais bronquiais é estudado utilizando-se como modelo uma linhagem de células humanas normais (BEAS-2B) expostas ao carcinógeno benzo[a]pireno. Pretende-se verificar se alterações do metabolismo celular no processo de transformação maligna estão envolvidas em modificações de marcas epigenéticas que contribuam para o fenótipo maligno.

 

Linha 3: Bases moleculares das complicações do diabetes

Buscando entender a ocorrência de complicações do diabetes após o controle glicêmico, investiga-se a possibilidade de a hiperglicemia desencadear alterações moleculares persistentes que teriam como base o estresse oxidativo e lesões em biomoléculas. São avaliados marcadores de inflamação, estresse oxidativo, glicação avançada e expressão de genes/proteínas em modelo animal de diabetes controlado ou não, com o propósito de entender seus papeis no desenvolvimento da nefropatia diabética.


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Projetos de Pesquisa

» "Bases moleculares da carcinogênese e complicações do diabetes"

Avaliar o processo de estabelecimento da microbiota intestinal em crianças saudáveis e prematuras, bem como quantificar os principais gêneros bacterianos presentes na microbiota. Identificar a composição a microbiota intestinal em adultos saudáveis e em diferentes patologias como obesidade, diabetes e doença inflamatória intestinal. Associar a composição da microbiota intestinal com condições patológicas e condições sócio econômicas, acompanhando possíveis alterações na microbiota, após intervenções clínicas, cirúrgicas ou alimentares. A metodologia empregada é fundamentalmente molecular.
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Projetos de Pesquisa

» "Análise da Composição da Microbiota Intestinal em Crianças até os 24 meses de idade"

» "Avaliação da microbiota fecal de Recém Nascidos Prétermo graves e sua relação com a Enterocolite Necrotizante"

» "Estudo da distribuição dos genes de resistência a antimicrobianos no DNA total de fezes de crianças de zero a doze meses de idade"

» Análise da composição da Microbiota intestinal e sua relação com Diabetes tipo 2 mal controlado em pacientes com sobrepeso e obesidade de grau I

O foco de investigação do grupo consiste no estudo da fisiopatologia da aterosclerose e dos biomarcadores desta doença, visando as aplicações no diagnóstico e terapêutica. Neste contexto investigamos a oxidação de lipoproteinas, os biomarcadores da liperoxidação e do estresse oxidativo e as relações destes com a progressão da aterosclerose e tratamento das doenças cardiovasculares. Nossos trabalhos demonstram que: 1. Lipoproteínas modificadas in vivo por oxidação, em especial a LDL eletronegativa, são biomarcadores da progressão da aterosclerose e também fatores de risco para doenças cardiovasculares, uma vez que são citotóxicas, pró-inflamatórias e pró-apoptóticas. 2. Lípides nitrados bioativos, resultantes da interação do óxido nítrico, ou suas espécies derivadas, com intermediários da lipoperoxidação são formados in vivo e atuam como potenciais doadores endógenos de óxido nítrico, modulando o processo inflamatório, a aterogênese e a angiogênese. 3. O estudo da bioatividade de compostos naturais (ex.: isoflavonas) e sintéticos (ex.:estatinas), em modelos experimentais de aterosclerose e em estudos clínicos em indivíduos com doenças cardiovaculares demonstrou efeitos ateroprotetores destes compostos, em especial, relacionados à proteção da modificação de lípides e proteínas. 4. Sob o enfoque biotecnológico, nosso grupo desenvolve anticorpos monoclonais e fragmentos recombinantes de anticorpos (scFv), que poderão ser utilizados para o desenvolvimento de insumos para a Saúde, incluindo kits diagnósticos.

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Projetos de Pesquisa

» "Programa de Cooperação Científica e Tecnológica CNPq/MICINN - Espanha"

» "Projeto de Cooperação Bilateral Brasil/Alemanha CAPES/DAAD/PROBRAL"

Alimentos são fontes de energia e nutrientes para a manutenção da vida, mas podem também carrear contaminantes potencialmente perigosos para o organismo que os ingere. Estes contaminantes podem ser físicos, químicos ou microbiológicos. As contaminações químicas  podem estar relacionadas aos processos de produção e processamento, além do transporte e armazenamento dos alimentos. Assim, é fundamental avaliar o risco da presença destes contaminantes em alimentos e na água, para se estabelecer condições segura para sua ingestão. Os contaminantes que vem causando grande preocupação são os praguicidas, metais, acrilamida, dioxinas, bifenilas policloradas entre outros e que podem ser analisados nos alimentos e água, sendo determinada e quantificada sua presença por metodologias apropriadas e comparadas com valores de referencia, que estabelecem o risco, e o seu contraponto – a  segurança - da ingestão destes produtos.

Projetos de Pesquisa

As doenças mieloproliferativas são doenças clonais resultantes de mutação adquirida na célula-tronco hematopoética, com aumento da proliferação celular de uma ou mais linhagens mieloides e manutenção da maturação eficaz.

A leucemia mieloide crônica (LMC) é uma doença mieloproliferativa crônica caracterizada por hiperplasia mieloide, leucocitose, neutrofilia, basofilia, eosinofilia e esplenomegalia. Cerca de 95% dos pacientes com LMC apresentam o cromossomo Philadelphia (Ph), anormalidade citogenética resultante da translocação recíproca e balanceada entre os braços longos dos cromossomos 9 e 22 t(9;22)(q34;q11). O Mesilato de Imatinibe (MI) é um inibidor de tirosinoquinase que revolucionou o tratamento da LMC, porém cerca de 30% dos pacientes  não respondem à essa terapia. A maioria  dos casos de resistência ao MI não tem causa conhecida. Desse modo, estamos avaliando os possíveis marcadores de falha da resposta dos pacientes com LMC ao MI por meio da avaliação da expressão dos genes de transportadores de efluxo e influxo, dos microRNAs e metilação do DNA das regiões promotoras dos genes desses transportadores em leucócitos totais.

A mielofibrose primária (MFP) e a trombocitemia essencial (TE) são neoplasias mieloproliferativas (NMPs) cromossomo Ph negativas. Os portadores dessas NMPs frequentemente apresentam aumento da formação de novos vasos sanguíneos a partir de vasos preexistentes, num processo denominado angiogênese. Portanto, a avaliação do papel do  fator transformador do crescimento (TGF)-β1, do fator de crescimento de endotélio vascular (VEGF) e do fator básico de crescimento de fibroblastos (bFGF) é importante para entendimento da fisiopatologias dessas doenças.


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Projetos de Pesquisa

» "Fisiopatologia de doenças mieloproliferativas e aspectos farmacogenéticos associados à resistência ao tratamento"

O ácido fólico (AF), da cobalamina (Cbl) e do ferro, os quais são micronutrientes essenciais na hematopoese e participam de diversos processos metabólicos importantes no organismo. A seguir será apresentado o resumo do projeto que está sendo desenvolvido atualmente.

O ácido fólico é uma vitamina do complexo B que desempenha importante papel em diferentes reações no organismo. Sua deficiência produz diversas complicações clínicas, como anemia, aumento do risco de câncer coloretal e de doenças cardiovasculares, defeitos no fechamento do tubo neural, entre outros. Porém, com o início da fortificação de farinhas de trigo e milho com ácido fólico no Brasil, a partir 2004, a população passou a estar exposta de modo compulsório a quantidades desta vitamina além daquela existente normalmente nos alimentos. Sabe-se que o ácido fólico na sua forma sintética pode não ser completamente metabolizado levando ao aparecimento de uma fração não metabolizada no organismo. Isso é mais preocupante naqueles indivíduos que além da fortificação fazem uso terapêutico dessa vitamina, como aqueles com esferocitose hereditária e traço talassêmico β. Assim, o objetivo deste estudo será avaliar se concentrações séricas de ácido fólico não metabolizado afetam a metilação global, a expressão de RNAm dos genes β-globina, Interferon-γ, TNF-α, Interleucina-8, MTHFR e DHFR em leucócitos mononucleares e a citotoxicidade de células NK em pacientes com esferocitose hereditária e portadores de traço talassêmico β expostos à fortificação compulsória e em uso de 5 mg/dia de ácido fólico, provenientes de dois Serviços de Hematologia, e de funcionários ou voluntários saudáveis expostos à fortificação compulsória.


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Projetos de Pesquisa

» "Metabolismo do ácido fólico, vitamina B12 e ferro em populações"

O Laboratório de Toxinas e Produtos Naturais de Algas e Cianobactérias (LTPNA) realiza ensaios biológicos e triagem fitoquímica com extratos de microalgas e cianobactérias para o isolamento e identificação dos componentes ativos e/ou frações enriquecidas contendo peptídeos, alcaloides e toxinas. O LTPNA seleciona cepas de cianobactérias e microalgas encontradas em corpos d’água do Brasil e que são mantidas em cultivo para a obtenção de biomassa e prospecção de componentes bioativos . Para o fracionamento cromatográfico dos extratos utilizamos cromatografia em camada delgada, de baixa e média pressão, e HPLC semi-preparativo e preparativo. Os peptídeos, toxinas e outros metabólitos secundários são determinados por espectroscopia (espectrometria de massas, RMN, entre outras). Os ensaios biológicos e enzimáticos envolvem testes toxicológicos, inibição enzimática (proteases e fosfatases) e determinação da atividade antioxidante, anti-inflamatória e antibiótica. Além disso, utilizamos ferramentas em metabolômica e proteômica, com ênfase em análises de toxinas, produtos naturais de algas e cianobactérias, para o estudo dos mecanismos de ação desses componentes em diferentes culturas celulares. Em parceria com outros institutos nacionais e internacionais, também realizamos investigações ecológicas e fisiológicas em cianobactérias para a compreensão de mecanismos alelopáticos e de quorum sensing envolvidos no crescimento celular e competitivo desses organismos no ambiente e em cultivo.

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Projetos de Pesquisa

» "Bioprospecção de cianobactérias brasileiras dirigida à obtenção de cianopeptídeos inibidores de proteases."

» "Bioprospecção dirigida à obtenção de compostos voláteis antioxidantes, antifúngicos e antibióticos de cianobactérias e microalgas brasileiras."

» "Isolamento e elucidação estrutural de novos compostos com potencial aplicação terapêutica de cianobactérias brasileiras de água doce."

» "Produção de padrões analíticos e desenvolvimento de métodos para o monitoramento de microcistinas."

» Ciclopeptídeos inibidores de proteases de cianobactérias isoladas de corpos d'água brasileiros.

» Prospecção de compostos voláteis produzidos por cianobactérias brasileiras com possível efeito alelopático.


Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles interagem com o DNA ou outros RNAs. A maioria dos estudos que utilizam técnicas de larga-escala como microarrays e sequenciamento de nova geração (RNA-seq) tem como objetivo principal monitorar a expressão dos genes codificadores de proteína. Porém, muitos destes dados, não explorados nas publicações originais, são provenientes de lncRNAs. Neste projeto, nós propomos utilizar os milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos lncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Uma re-anotação que fizemos da plataforma da Affymetrix mais usada, na qual mais de 2.300 estudos foram publicados, revelou a existência de 10.248 sondas que medem a expressão de possíveis lncRNAs. Estudar o perfil de expressão de lncRNAs e como estes se correlacionam com os perfis de genes codificadores de proteína em tantos tecidos e condições irá revelar mecanismos de regulação interessantes. Estas análises irão envolver a identificação de módulos de co-expressão, a predição dos fatores de transcrição envolvidos e a associação de lncRNAs com doenças e infecções. Propomos também validar o papel regulatório de lncRNAs em alguns desses achados.


Publicações Relacionadas 


  • Beckedorff FC, Ayupe AC, Crocci-Souza R, Amaral MS, Nakaya HI, Soltys DT, Menck CF, Reis EM, Verjovski-Almeida S. (2013) The Intronic Long Noncoding RNA ANRASSF1 Recruits PRC2 to the RASSF1A Promoter, Reducing the Expression of RASSF1A and Increasing Cell Proliferation. PLoS Genet. 2013 Aug;9(8):e1003705.
  • Louro R, El Jundi T, Nakaya HI, Reis EM, Verjovski-Almeida S (2008) Conserved tissue expression signatures of intronic noncoding RNAs transcribed from human and mouse loci. Genomics, 92(1):18-25
  • Nakaya HI, Beckedorff FC, Baldini ML, Fachel AA, Reis EM, Verjovski-Almeida S (2007) Splice Variants of TLE Family Genes and Up-Regulation of a TLE3 Isoform in Prostate Tumors. Biochemical and Biophysical Research Communications, 364(4):918-23
  • Nakaya HI, Amaral PP, Louro R, Lopes A, Fachel AA, Moreira YB, El Jundi TA, da Silva AM, Reis EM, Verjovski-Almeida S (2007) Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. Genome Biology, 8(3):R43
  • Louro R, Nakaya HI, Amaral PP, Festa F, Sogayar MC, da Silva AM, Verjovski-Almeida S, Reis EM (2007) Androgen responsive intronic non- coding RNAs. BMC Biology, 30;5:4
  • Reis EM, Louro R, Nakaya HI, Verjovski-Almeida S (2005). AS AntiSense gets Intronic. OMICS, 9(1):2-12
  • Reis EM, Nakaya HI, Louro R, et al. (2004). Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene, 23:6684-92

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Projetos de Pesquisa

» "Biologia de Sistemas de Longos RNAs não-codificadores"

 
 
A vacinologia de sistemas emergiu recentemente como um campo interdisciplinar que combina dados de técnicas de larga escala, estudos de rede e modelagem no contexto da vacinologia. Por séculos, as vacinas têm sido desenvolvidas empiricamente e, por isso, temos um limitado entendimento dos mecanismos moleculares de como as mesmas induzem proteção. Com a revolução tecnológica que ocorreu nas últimas décadas, nós somos hoje capazes de acessar e integrar informações de todos os componentes dentro de um sistema biológico (genes, proteínas, células) e usar essas informações para computar e prever o comportamento do sistema. Quando aplicado à vacinologia e doenças infecciosas, a biologia de sistemas nos ajuda a entender os mecanismos de resposta do sistema imune e também nos permite identificar marcadores de imunidade. Nossos artigos recentes destacam como a vacinologia de sistemas levou à descoberta de assinaturas gênicas que predizem imunogenicidade das vacinas da gripe e febre amarela, e como sua aplicação em estudos de infecção pode fornecer novas idéias e hipóteses sobre a regulação do sistema imune. 
 
 Os projetos desta área serão desenvolvidos em parte na Universidade Emory, nos EUA. 
 
 
Publicações Relacionadas 
 
  • Nakaya HI (2013) Applying Systems Biology to Understand the Immune Response to Infection and Vaccination. Chapter of book “Computational Systems Biology, 2nd Ed”, Editors: Elis & Kriete, Publisher: Elsevier, in press
  • Li S, Rouphael N, Duraisingham S, Romero-Steiner S, Presnell S, Davis C, Schmidt DS, Johnson SE, Milton A, Rajam G, Kasturi S, Carlone GM, Quinn C, Chaussabel D, Palucka AK, Mulligan MJ, Ahmed R, Stephens DS, Nakaya HI, Pulendran B. (2014) Molecular signatures of antibody responses derived from a systems biology study of five human vaccines. Nature immunology in press
  • Tan Y, Tamayo P, Nakaya HI, Pulendran B, Mesirov JP, Haining WN. (2014) Gene signatures related to B-cell proliferation predict influenza vaccine-induced antibody response. European Journal of Immunology.  44, 1, 285–295
  • Ravindran R, Khan N, Nakaya HI, Li S, Loebbermann J, Maddur MS, Park Y, Jones DP, Chappert P, Davoust J, Weiss DS, Virgin HW, Ron D, Pulendran B. (2014) Vaccine Activation of the Nutrient Sensor GCN2 in Dendritic Cells Enhances Antigen Presentation. Science. in press
  • Li S, Nakaya HI, Kazmin DA, Oh JZ, Pulendran B. (2013) Systems biological approaches to measure and understand vaccine immunity in humans. Semin Immunol. S1044-5323(13)00032-8
  • Pulendran B, Oh JZ, Nakaya HI, Ravindran R, Kazmin DA. (2013) Immunity to viruses: learning from successful human vaccines. Immunological Reviews, 255, (1) 243–255
  • Duraisingham S, Rouphael N, Cavanagh MM, Nakaya HI, Goronzy JJ and Pulendran B (2012) Systems Biology of Vaccination in the Elderly. Chapter of book “Current Topics in Microbiology and Immunology”, Editors: Michael G. Katze, Publisher: Springer
  • Nakaya HI and Pulendran B. (2012) Systems vaccinology: its promise and challenge for HIV vaccine development. Current Opinion in HIV & AIDS, Jan; 7(1):24-31
  • Nakaya HI, Gardner J, Poo YS, Major L, Pulendran B, Suhrbier A. (2012) Gene Profiling of Chikungunya Virus Arthritis Reveals Significant Overlap with Rheumatoid Arthritis. Arthritis & Rheumatism, Nov; 64(11):3553-63
  • Nakaya HI, Wrammert J, Lee EK, Racioppi L, Marie-Kunze S, Haining WN, Means AR, Kasturi SP, Khan N, Li GM, McCausland M, Kanchan V, Kokko KE, Li S, Elbein R, Mehta AK, Aderem A, Subbarao K, Ahmed R & Pulendran B. (2011) Systems biology analysis of vaccination for seasonal influenza in humans. Nature Immunology, Jul 10;12(8):786-95
  • Nakaya HI, Li S, Pulendran B. (2011) Systems Vaccinology: Learning to compute the behavior of vaccine induced immunity. Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med, Oct 19: DOI 10.1002/wsbm. 163
  • Pulendran B, Li S and Nakaya HI (2010) Systems Vaccinology. Immunity, Oct 29;33(4):516-29
  • Querec TD, Akondy RS, Lee EK, Cao W, Nakaya HI, Teuwen D, Pirani A, Gernert K, Deng J, Marzolf B, Kennedy K, Wu H, Bennouna S, Oluoch H, Miller J, Vencio RZ, Mulligan M, Aderem A, Ahmed R, Pulendran B (2009) Systems biology approach predicts immunogenicity of the yellow fever vaccine in humans. Nature Immunology, Jan;10(1):116-25
E-mail para contato: mailto:hnakaya@usp.br

Projetos de Pesquisa

» "Vaccinologia de Sistemas"

O desenvolvimento de uma vacina contra malária é uma das prioridades da pesquisa mundial. Entretanto, a grande maioria das vacinas em fase de testes clínicos são contra o Plasmodium falciparum. Considerando que o Plasmodium vivax é a espécie com maior distribuição geográfica no mundo e a mais prevalente nas Américas, incluindo o Brasil, a minha linha de pesquisa visa contribuir para a compreensão da especificidade e função da resposta imune contra esta espécie de Plasmodium. Este conhecimento, por sua vez, poderá terá como objetivo final o desenvolvimento de uma vacina. Nos últimos 15 anos, o nosso grupo têm produzido e caracterizado diversas proteínas recombinantes representando antígenos importantes de diferentes estágios do P. vivax, as quais foram expressas a partir de Escherichia coli ou leveduras. Com o intuito de desenvolver uma vacina recombinante de sub-unidade contra a infecção pelo P. vivax, domínios selecionados destas proteínas têm sido utilizados em imunizações de camundongos ou primatas não humanos, na presença de adjuvantes comercialmente disponíveis. Além dos estudos de imunogenicidade, as proteínas recombinantes geradas pelo nosso grupo têm sido utilizadas para estudos imunoepidemiológicos, funcionais e estruturais.

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Projetos de Pesquisa

» "Caracterização imunológica e funcional da Proteína 2 das Roptrias (RON2) de Plasmodium vivax."

» Geração e análise da imunogenicidade de proteínas recombinantes baseadas nas diferentes formas alélicas do antígeno circumsporozoíta de Plasmodium viv

» Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Vacinas (INCTV)

» Núcleo de Pesquisa em Vacinas (Vice-Coordenadora). Programa de incentivo à pesquisa (NAP), patrocinado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidad

O Laboratório de Imunoendocrinologia possui como principal objetivo estudar a interação entre os sistemas: imune e endócrino. Hormônios são substâncias químicas que regulam o metabolismo tecidual e influenciam a transferência de informação intercelular. Nosso grupo de pesquisadores investiga a intervenção hormonal sobre a resposta inflamatória, tanto do ponto de vista imunológico quanto dos processos de sinalização intracelular. Sendo a disfunção hormonal uma condição mundialmente comum, focamos nossas pesquisas nos seguintes temas: insulina, imunologia celular, inflamação pulmonar e vias de sinalização. Apesar de grandes avanços, pouco se entende da modulação do metabolismo celular controlada por hormônios e quais as proteínas envolvidas nestas cascatas de sinalização. O conhecimento gerado objetiva amalgamar o diagnóstico precoce e promover inovação terapêutica de suma importância para controle de várias patologias incluindo o diabetes. 

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Projetos de Pesquisa

» "Aspectos celulares e moleculares envolvidos na resposta inflamatória induzida pela carragenina em camundongos sadios e diabéticos"

» "Efeito da insulina na inflamação pulmonar secundária a sepse, na imunidade inata, na ativação do seu gene (BGk) e seus receptores (IR)-A e IR-B"

» "Influência da Vitamina D na expressão de receptores (VDR e TLR) em macrófagos no modelo de diabetes mellitus experimental"

» "Papel da insulina na vigência da inflamação alérgica pulmonar em camundongos diabéticos e sadios"

Clostridium difficile, nos últimos anos, tem sido apontado como um importante agente causador de doenças diarréicas associadas ao uso de antimicrobianos. As manifestações clínicas podem variar desde uma diarréia autolimitada a uma colite pseudomembranosa, e pode ser fatal em alguns casos. Há poucos dados disponíveis no Brasil sobre a epidemiologia clássica e epidemiologia molecular das diarreias causadas por C. difficile. Nesse sentido os objetivos desta linha de pesquisa são: 1- Avaliar a sensibilidade e especificidade dos diferentes métodos para diagnóstico de diarreia causada por C. difficile; 2- Caracterizar os diferentes ribotipos que circulam na cidade de São Paulo; 3- Avaliar o perfil de susceptibilidade antimicrobiana.

E-mail para contato: mailto:sampaio@usp.br

Projetos de Pesquisa

» "Perfil de sensibilidade e ribotipagem de Clostridium difficile isolados na cidade de São Paulo."

A detecção da resistência antimicrobiana no laboratório de microbiologia clínica representa um grande desafio em função da grande variedade de determinantes genéticos, particularmente em Enterobactérias, resultando em diferentes fenótipos. A maioria dos genes está localizada em elementos genéticos móveis como transpósons e plasmídios ou ainda em integrons na forma de cassetes gênicos, o que facilita a sua disseminação entre gêneros e espécies bacterianas distintos. A caracterização desses elementos e do contexto no qual estão inseridos é um passo essencial para que possam ser adequadamente detectados no laboratório de microbiologia clínica. Nesse sentido os objetivos desta linha de pesquisa são: 1- Caracterizar os determinantes da resistência aos carbapenêmicos; 2- Caracterizar os determinantes da resistência às fluorquinolonas; 3- Caracterizar os determinantes da resistência às polimixinas; 4- Caracterizar AmpCs plasmidiais em Escherichia coli; 5-Caracterizar os plasmídios que albergam genes que codificam para carbapenemases; 6- Estudar a disseminação de clones em ambiente hospitalar.

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Projetos de Pesquisa

» "Caracterização de plasmídios que codificam betalactamases do tipo AmpCs"

» "Caracterização do contexto genético de genes que codificam para carbapenemases em Enterobacteriaceae, Acinetobacter spp. e Dysgonomonas spp."

» "Determinantes da resistência às polimixinas nos gêneros Klebsiella e Enterobacter."

» "Estabilidade de plasmídeos que codificam carbapenemases do tipo KPC ou NDM."

A interação leucócito-endotélio e a gênese de vasos atuam na morfogênese, regeneração tecidual, crescimento e disseminação tumoral. Nanomateriais interferem nas interações leucócito-endotélio em diversos territórios do organismo. Interessam-nos o desenvolvimento e a validação em tecnologias para morfologia quantitativa, avaliação de risco, regulação de compartimentos funcionais em situações de interesse clínico, refinamento de modelos in vitro e estratégias de substituição ao uso de mamíferos para a redução do sofrimento humano e animal. 

e-mail para contato: mailto:lfgomes@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Aplicação de microscopia de polarização e de microscopia holográfica de polarização para estudo de granulometria de amido de milho.

» Calibração de microscopia de polarização para uso com técnicas de holografia com luz polarizada.

» Estudo do efeito da β­2-Glicoproteína I no desenvolvimento da rede vascular de membrana corioalantóica de embriões de galinha.

Estudos que procuram estabelecer molecularmente os mecanismos fisiopatológicos de doenças cardiovascular, assim como abordar a farmacogenômica dos antiagregantes, anticoagulantes e hipoglicemiantes utilizados na prática da clínica cardiológica. Nesta linha também é abordada a multirresistência  bacterianas que causam surtos epidemiologicamente importantes, especificamente na tuberculose.

e-mail para contao: mailto:mhhirata@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Estudo sequencial do perfil de expressão gênica em biópsias endomiocárdicas parafinadas: associação com rejeição humoral e vasculopatia do aloenxerto

» Polimorfismo dos genes LIGHT, MMP, LTalpha, LGALS2, Vcam, ICam, E selectina, NFkb podem estar associados com doença arterial coronariana

O estudo desta linha aborda uso de novas tecnológicas, como sequenciamento de alto desempenho, para buscar alterações genômicas relacionadas as varias manifestações clinicas como a Diabetes, dislipidemias, canalopatias, insuficiência cardíaca, vasculopatia e doenças genéticas relacionadas a aterosclerose.

Projetos de Pesquisa

Desenvolver métodos para determinação de fármacos/drogas de abuso em matrizes biológicas diversas como cabelo, saliva, suor, mecônio, empregando técnicas recentes de preparação de amostras (microextração em fase sólida (SPME), microextração em fase líquida (LPME), extração acelerada por solventes (ASE).

E-mail para contato: mailto:yonamine@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Uso da extração acelerada por solvente (ASE) para determinação cromatográfica de analitos de cocaína e tetraidrocanabinol em amostras de mecônio

Estimar o consumo de álcool e drogas no ambiente de trabalho através de análises toxicológicas e suas conseqüências para o indivíduo e a sociedade. Avaliar o uso de análises toxicológicas em Programas de Prevenção e Controle do Uso de Drogas no Ambiente de Trabalho.


E-mail para contato: mailto:yonamine@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Estudo da incerteza de medição em análises toxicológicas de substâncias psicoativas em urina

O presente projeto pretende caracterizar a natureza das alterações encontradas na MEC da medula óssea de camundongos submetidos à desnutrição protéica experimental, com ênfase nas alterações subendosteais onde se localiza o nicho da célula tronco hemopoética. Caracterização topográfica das proteínas adesivas (colágenos I e III, fibronectina, laminina e trombospondina) presentes na matriz extracelular da medula óssea de camundongos desnutridos, utilizando técnicas de imuno-histoquímica (microscopia óptica). Avaliação ultra-estrutural, em microscopia eletrônica de transmissão, da matriz extracelular medula óssea de camundongos desnutridos Ensaios de sustentação da hemopoese Avaliação dos processos que regulam a sintese da MEC . 

e-mail para contato: mailto:borelli@usp.br

Projetos de Pesquisa

» "Avaliação do nicho endostal hematopoetico de camundongos submetidos à desnutrição proteica"

» Remodelamento da matriz extracelular da medula óssea em desnutrição protéica: possível relação da via de AKT e expressão de fibronectina e metaloprote

A anemia, leucopenia e a atrofia medular encontrada nos camundongos submetidos à desnutrição protéica sugerem queda na capacidade proliferativa de progenitores, uma vez que a redução do compartimento medular não foi decorrente do aumento do influxo de células para o sangue periférico e nem devida processos Assim, nosso objetivo no presente projeto é o de avaliar a capacidade proliferativa da população de células CD34+ e da popula~ção SCA1+/LIN- (célula tronco em camundongo) medula óssea de camundongos desnutridos. 


E-mail para contato: mailto:borelli@usp.br

Projetos de Pesquisa

Em experiências pioneiras mundialmente, mostramos que nanopartículas lipídicas com composição parecida com a das lipoproteínas de baixa densidade (LDL), mas sem proteína, quando injetadas na circulação sistêmica, concentram-se em tumores malignos  e outros  tecidos onde haja processos proliferativos ou inflamatórios. Com isto, é possível incorporar quimioterápicos às nanopartículas e vetorizá-los aos seus  sítios de ação. Demonstramos, inclusive em estudos clínicos em pacientes oncológicos, que a veiculação nessas nanopartículas reduz drasticamente a toxicidades das drogas usadas na quimioterapia do câncer.  Associações de quimioterápicos veiculados nas nanopartículas também têm sido investigadas em modelos celulares e em animais de experimentação onde mostraram grande eficiência no  tratamento de outras doenças onde haja proliferação celular e inflamação, como a aterosclerose, a artrite reumatóide e no manejo clínico pós-transplante cardíaco. Assim, iniciam-se os testes clínicos em pacientes com doenças cardiovasculares, transplante cardíaco e doenças reumáticas. 

E-mail para contato: mailto:ramarans@uysp.br

Projetos de Pesquisa

» Expressão de receptores de LDL e captação de nanopartículas lipídicas em tecido de endometriose em pacientes com a doença.

» Influência do tamanho e composição de partículas lipídicas na sua captação celular e tecidual em modelos animais de aterosclerose e câncers.

» Tratamento de ratos com indução de diabetes mellitus com metotrexato veiculado em nanopartículas lipídicas.

» Tratamento de ratos com transplante de aorta e renal com paclitaxel vetorizado em nanopartículas lipídicas.

» Uso de quimioterápicos veiculados em nanopartículas lipídicas no tratamento de pacientes com ateroma de aorta.

» Uso de quimioterápicos veiculados em nanopartículas lipídicas no tratamento de pacientes com carcinoma avançado ou metastático de pulmão, ovário, pró

» Uso de quimioterápicos veiculados em nanopartículas lipídicas no tratamento de pacientes com doença coronária crônica.

» Uso de quimioterápicos veiculados em nanopartículas lipídicas no tratamento de pacientes com transplante cardíaco e transplante cardíaco

» Uso de quimioterápicos veiculados em nanopartículas lipídicas no tratamento neoadjuvante de pacientes com carcinoma mamário.

A cinética de lipoproteínas ricas em triglicérides e da LDL, aspectos funcionais das HDL, além de outros parâmetros metabólicos e inflamatórios,  é determinada em pacientes em várias situações clínicas e frente a padrões dietéticos e tratamentos medicamentosos. 



E-mail para contato: mailto:ramarans@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Cinética de lipoproteínas artificiais e fatores inflamatórios em pacientes com dislipidemias.

» Cinética de modelos artificiais de quilomícrons e transferência de lípides para as HDL em pacientes com doença coronariana com e sem diabetes mellitus

» Influência da idade e presença de aterosclerose na cinética de lipoproteínas e transferência de lípides.

» Transferência de lípides para as HDL e fatores inflamatórios em pacientes com insuficiência cardíaca avançada.

Sabendo-se que animais desnutridos apresentam hipoplasia severa de órgãos linfo-hemopoéticos e alterações funcionais em macrófagos, fatos que poderiam interferir na síntese de citocinas, propõe-se neste projeto, o estudo da cinética de síntese de citocinas TNF , IL1 e IL1 , IL6 , GM-CSF (fator de crescimento grânulo-monocítico) in vivo e in vitro; além da expressão do receptor do LPS e do fator de transcricão NF appaB em celulas mononucleares periféricas e peritoniais. 

E-mail para contato: mailto:hemato@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Envolvimento dos ácidos graxos de cadeia curta e seu receptor (GPR43) na resposta imune a Bactérias Anaeróbias in vivo e in vitro.

» Estudo da função de macrófagos peritoniais de camundongos Swiss submetidos à dieta hipoprotéica ou à dieta hiperlipídica.

» Modulação da glutamina sobre a via de sinalização do fator nuclear Kappa B (NF-KB) em macrófagos peritoneais em um modelo murinico proteico de desnutr

O microambiente medular é composto basicamente pelo sistema celular hematopoético e estromal, conjuntamente com a matriz extracelular a ele associada, e por substâncias solúveis, apresentando-se como uma estrutura compartimentalizada e dinâmica que, além de fornecer o parênquima de sustentação para as células hematopoéticas, permite um "ambiente bioquímico" fundamental para a proliferação, diferenciação e maturação das mesmas. O nosso grupo desenvolve pesquisas estudando principalmente as células tronco mesenquimais com objetivo principal de compreender o mecanismo de formação de microambientes indutivos e o controle da hematopoese.


e-mail para contato: mailto:hemato@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Avaliação do Nicho Endostal Hematopoetico de camundongos submetidos à desnutrição proteica.

» Efeito da ingestão de uma dieta hiperlipídica sobre aspectos regulatórios da hematopoese em um modelo de rato Wistar

» Influencia da desnutrição proteica-energética sobre a expressão de fatores de transcrição envolvidos no processo de diferenciação de células tronco me

» Remodelamento da matriz extracelular da medula óssea em desnutrição protéica: possível relação da via de AKT e expressão de fibronectina e metaloprote

A malária é uma doença parasitária responsável por um milhão de mortes ao ano. Entre suas manifestações está a lesão pulmonar aguda/síndrome do desconforto respiratório agudo (LPA/SDRA) que é uma enfermidade com alto risco de mortalidade e atinge de 5-20% das pessoas infectadas. Nosso objetivo é elucidar diferentes aspectos da relação parasita-hospedeiro da LPA/SDRA associados à malária, tais como resposta imune, sequestro e citoaderência, bem como identificação de biomarcadores com potencial importância para um diagnóstico precoce e um melhor prognóstico para esta doença. 
 
 

Projetos de Pesquisa

» Avaliação dos mecanismos imunopatológicos envolvidos na injúria respiratória aguda na malária experimental

» Caracterização da Síndrome Respiratória Aguda Murina Associada à Malária Severa: estudo da interação parasita-hospedeiro

» O papel da apoptose na patogênese da síndrome respiratória aguda associada à malária experimental

» O papel da citoadesão e dos receptores do tipo Toll (TLRs) na imunopatogênese da síndrome do desconforto respiratório agudo murino associado à malária

O laboratório de Toxicologia Experimental emprega estudos in vitro, in vivo, ex vivo e in situ para avaliação das ações da Anexina A1, uma proteína secretada pela ação dos glicocorticoides, e do TSPO, um receptor de benzodiazepínico, sobre funções de neutrófilos, macrófagos e células da glia  envolvidas no desenvolvimento e resolução da inflamação.  Ainda, os mecanismos da toxicidade de xenobióticos ambientais, como a hidroquinona e PCB126, sobre as células citadas acima também são investigados.  


E-mail para contato: mailto:sfarsky@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Avaliação da atividade gastroprotetora do agonista PPAR Lyso-07 e do ácido clorogênico

» Estudo da eficácia terapêutica de nanocápsulas de indometacina e éster etílico de indometacina: ensaios de microscopia intravital

» Estudo experimental da exposição ao PCB126 sobre a indução de Diabetes Mellitus tipo II

» Mecanismos moleculares de ação dos glicocorticóides endógenos sobre o tráfego de neutrófilos: Caracterização da ação sobre os eixos SDF-1alfa/CXCR-4 e

O principal objetivo da nossa pesquisa está relacionado à caracterização de mecanismos imunes envolvidos na proteção contra doenças provocadas por fungos. Nos últimos anos, focamos nossas atenções no estudo de modelos animais e humanos de infecção fúngica. Diversos enfoques, linhagens isogênicas de camundongos, assim como procedimentos de imunomodulação sistêmica e local têm sido usados na tentativa de alcançar uma melhor compreensão dos mecanismos imunoprotetores que operam nessas infecções. Na doença fúngica em humanos, o enfoque está na identificação de marcadores da resposta imune que possam estar seletivamente associados aos estágios da infecção.

E-mail para contato: mailto:sandroal@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Direcionamento de gp43 recombinante para células dendriticas in vivo: uma nova estratégia para o desenvolvimento de vacina na paracoccidioidomicose

» Papel de receptores de reconhecimento padrão na ativação de macrófagos nas infecções fungicas causadas por Fonsecaea pedrosoi, Sporothrix schenckii e

4-nerolidilcatecol, isolado de Pothomorphe umbellata, demonstrou atividade citotóxica in vitro seletiva frente a linhagens de melanoma humano (Brohem, In vitro Toxicology). Os mecanismos de indução de morte celular foram descritos e envolvem a inibição de proteassoma. Outras atividades que sugerem seu potencial como quimioterápico para melanoma incluem a inibição de metaloproteinases e a inibição de invasão demonstrada em modelos in vitro Estudos de atividade antimelanoma in vivo devem então ser realizadas para verificar o comportamento do composto em condições de indução experimental desta neoplasia. Assim, este projeto visa avaliar, em camundongos onde melanoma cutâneo será induzido experimentalmente, a eficácia do composto em reduzir a formação dos tumores e/ou a redução/ausência e formação de tumores metastáticos (pulmão e fígado). Para tanto, camundongos Black serão inoculados com células tumorais por via subcutânea e o desenvolvimento dos tumores avaliados durante 90 dias em animais tratados ou não com 4-nerolidilcatecol. A administração do composto será realizada 3 vezes por semana por via intraperitoneal. As doses ótimas serão avaliadas após estudos piloto para avaliação da toxicidade do composto por esta via.

Projetos de Pesquisa

» "Aplicação de modelagem molecular e de formalismos do CAMD (Computer-Aided Molecular Design) na elucidação do mecanismo de ação do 4-nerolidilcatecol.

» "Atividade antimelanoma cutâneo in vivo do 4-nerolidilcatecol."

A exposição a radiação solar vem aumentando em todo mundo particularmente pela redução da camada de ozônio, responsável pela filtração das radiações ultravioleta. Estas produzem na pele efeitos agudos e crônicos, sendo o câncer de pele, melanoma e não melanoma, e o fotoenvelhecimento as doenças mais prevalentes. A pesquisa por novas substâncias que além de filtros solares possam impedir ou reduzir o desenvolvimento de lesões cutâneas promovidas pela radiação solar é o tema de nossa linha de pesquisa. Dentre os compostos naturais aqueles com atividade antioxidante tem despertado interesse, pois, além de alguns atuarem diretamente como filtros solares, podem se adequadamente formulados atingirem as camadas mais profundas da epiderme atuando diretamente sobre os mecanismos bioquímicos que desencadeiam as lesões induzidas pela radiação. Modelos in vitro são cada mais empregados para os estudo de mecanismos de ação e desenvolvimento de moléculas promissoras. Nosso laboratório empregando culturas primárias e linhagens estabelecidas de células da pele (queratinócitos, melanócitos e fibroblastos) objetiva o desenvolvimento de metodologias que possam reduzir ou substituir modelos animais de avaliação de fotoproteção, bem como, o estudo dos mecanismos de fotoproteção por antioxidantes originados de fontes naturais. Além disto, a interação entre radiação solar e a exposição cutânea a substâncias potencialmente tóxicas é outra linha em desenvolvimento no laboratório. O estudo da avaliação do risco de uso destas substâncias em formulações de uso tópico é outro tema de interesse relacionado.
 
Projeto de pesquisa associado
1.1. Avaliação do Efeito Fotoprotetor de Compostos Fenólicos sobre culturas de células da pele irradiadas por UVA e UVB.
 
  
E-mail para contato: mailto:smbarros@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Avaliação do Efeito Fotoprotetor de Compostos Fenólicos sobre culturas de células da pele irradiadas por UVA e UVB.

A exposição concomitante a radiação solar e praguicidas pode desencadear processos patológicos na pele particularmente o cancer de pele. Dados epidemiológicos demonstram que aplicadores de praguicidas apresentam uma maior incidência de melanomas cutâneos que a população em geral. Esta linha de pesquisa visa a entender os mecanismos envolvidos nas modificações de células da pele expostas concomitantemente a radiação solar e praguicidas.

 
 e-mail para contato: mailto: smbarros@usp.br

Projetos de Pesquisa

» "Avaliação da influência do carbaril sobre os efeitos da radiação UV em melanócitos humanos em cultura."

O melanoma representa apenas 4% das neoplasias malignas da pele, porém é considerado o mais grave por levar o paciente a óbito em poucos meses. Em virtude da via MAPK estar intimamente ligada ao descontrole da proliferação celular, especialmente em melanoma, esta via se tornou um alvo para o desenvolvimento de terapias direcionadas ao oncogene, assim, potentes quimioterápicos como Vemurafenibe (inibidor de BRAFV600E) e Trametinibe (inibidor de MEK) foram desenvolvidos nos últimos anos e considerados uma esperança para os portadores de melanoma. Altíssimas taxas de respostas vêm sendo alcançadas, o que evidencia a revolução gerada com os inibidores específicos no tratamento de melanoma avançado. Entretanto, a maioria dos pacientes está sujeito à resistência com recidivas após 7 meses de tratamento ainda por mecanismos diversos e desconhecidos, que justificam a constante busca por novos compostos terapêuticos que possam superar esta quimioresistência e, efetivamente levar à cura. Apesar de evidências de que a mutação BRAFV600E seja preditiva de resposta aos inibidores de BRAF/MEK, a sinalização celular envolvida com a via de BRAF/MAPK pode ser mais heterogênea e localmente regulada pelo microambiente tumoral. Há também a possibilidade de ativação de outras vias, em um mecanismo compensatório, como a via de PI3K/AKT, influenciando a resposta da inibição de BRAF/MEK. Ainda não se sabe se a “fuga terapêutica” surge como o resultado de um processo evolutivo no melanoma ou da seleção de clones resistentes pré-existentes que já estavam presentes antes do início da terapia, caracterizando a heterogeneidade genética tumoral, sendo ambas as situações consideradas plausíveis. Um número crescente de estudos sugere que a heterogeneidade fenotípica e genética de populações de células tumorais sejam determinantes na resistência aos novos agentes. Esta linha de pesquisa tem como metas investigar grandes frentes do melanoma e quimoresistência; 1) O papel do microambiente na seleção de clones resistentes pré-existentes 2) O Impacto das proteínas da Transição Epitélio-Mesênquima na seleção de clones de melanoma resistentes aos inibidores específicos e, 3) Avaliar a terapia combinatória nestes clones resistentes em busca de novas alternativas terapêuticas.
 
e-mail para contato: mailto:silvya@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Avaliação de efeitos imunossupressores da radiação UV em equivalente de epiderme imunocompetente.

» Efeito do 2-metoxiestradiol na citotoxicidade e quimiorresistência de linhagens de melanoma humano.

» Impacto das proteínas da transição Epitélio-Mesênquima em Melanoma Quimioresistente ao Vemurabenibe.

» Metilação dos genes Reck e ALX3 em melanoma humano.

» Migração e invasão tumoral em modelo de melanoma.

A produção de medicamentos e cosméticos eficazes e seguros requer metodologia que possibilite, nas diferentes etapas do desenvolvimento, avaliar a toxicidade e a eficácia de novos princípios ativos e formulações para garantir a proteção aos usuários. O uso de sistemas biomiméticos de pele, contribui para a triagem de potenciais fármacos para tratamento de diferentes doenças da pele, entre elas a avaliação de eficácia de quimioterápicos para o tratamento tópico de carcinomas de pele do tipo não-melanoma e melanoma. O potencial de descoberta de novos fármacos potencialmente antineoplásicos ou aplicáveis a outras patologias da pele a partir das pesquisas de plantas da flora brasileira é sem dúvida um vasto campo de aplicação desta tecnologia.

e-mail para contato: mailto@silvya@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Avaliação de efeitos imunossupressores da radiação UV em equivalente de epiderme imunocompetente.

» Desenvolvimento de epiderme equivalente sobre membrana do tipo Transwell e membrana Biopolimérica.

» Desenvolvimento de pele artificial contendo equivalente dérmico glicado mimetizando a fisiopatologia da pele envelhecida e diabética.

» Rede Nacional de Métodos Alternativos RENAMA Desenvolvimento de plataforma de epiderme equivalente para avaliação de segurança e eficácia pré-clínica

Avaliar e estudar os mecanismos pelos quais os xenobióticos levam à neurotoxicidade. Para tanto, temos os seguintes projetos em andamento: 1- Avaliação da fumaça do cigarro no desenvolvimento do SNC de ratos neonatos 2- Avaliação da neuroinflamação de ratos expostos à fumaça de cigarro 3- Vias intracelulares envolvidas na neurotoxicidade da metilecgonidina, produto de pirólise da cocaína 4- Neurotoxicidade do bisfenol-A 4- Avaliação do envovlmento da metilecgonidina da farmacodependência 5- Neurotoxicidade do cocaetileno.


E-mail para contao: mailto:tmarcour@usp.br

Projetos de Pesquisa

» Avaliação dos efeitos da exposição à fumaça do cigarro na resposta inflamatória do sistema nervoso central

» Efeito da fumaça do cigarro na resposta inflamatória do sistema nervoso central